В сентябре 1991 г. на базе Археологического центра Института истории, археологии и этнографии им. Ч.Ч. Валиханова был  создан Институт археологии АН Республики Казахстан (ИА), которому присвоено имя выдающегося ученого-археолога, историка, этнографа, востоковеда, искусствоведа, филолога, академика АН Республики Казахстан А.Х. Маргулана  (Постановление Кабинета Министров Республики Казахстан  № 496 от 28 августа 1991 г.). Институт возглавил д.и.н. К.М. Байпаков.
    В настоящее время институт насчитывает 65 сотрудников, в том числе 5 докторов наук и 15 кандидатов наук.
    В структуру института входят следующие группы по изучению:  эпохи камня; эпохи бронзы и древних технологий; ранних кочевников; древнего искусства; урбанизации и номадизма; музей археологии. В институт имеется аспирантура и докторантура.