В фондах музея хранятся археологические, нумизматические коллекции, коллекции редких книг, ювелирных изделий, предметов быта, этнографии, образцов природы, фотодокументальный фонд, произведения изобразительного искусства.

	Археологическая коллекция насчитывает 15634 предмета. Сформирована в результате научных экспедиций, проводимых в области, и из случайных находок;
	Коллекция образцов природы - 2053 экспоната, представлена уникальными палеонтологическими находками, образцами полезных ископаемых, различных минералов и гербариями;
	Нумизматическая коллекция - это 3182 предмета, представленные монетами эпохи средневековья, царской России, советского периода, денежными знаками Монголии, стран Восточной Европы;
	Коллекция редких книг и изданий - 4414 экспоната. В коллекцию входят издания со старославянским и арабским  шрифтом, рукописный Коран, а также книги, выпущенные в типографиях Уфы и Казани в XIX веке.;
	Коллекция ювелирных украшений - 566 предмета, выполненных согласно региональных особенностей края;
	Коллекция предметов быта, этнографии и прикладного искусства казахского народа (национальные костюмы, предметы, изготовленные из дерева и инкрустированные костью, тканые и войлочные изделия и др.);
	Коллекция произведений изобразительного искусства представлены живописью, графикой, экслибрисами местных художников.