Можно думать, что течение первых полутора веков существования вакуф действительно оставался неприкосновенным, хотя уже в конце ХV столетия Тимуриды утратили фактическую власть над городом Ясы, находившимся на территории, занятой узбеками. Еще в1451 году с помощью их талантливого предводителя Абулхайра внук Тимура, Абу Саид, овладел самаркандским престолом, при чем сумел не пустить узбеков в столицу и тем спас ее от разграбления. В благодарность же за оказанную поддержку в ставку Абулхайра за все время его пребывания в долине Зеравшана ежедневно отправлялись богатые подарки. Перед его уходом в степь за него, с согласия светских и духовных сановников, была выдана замуж дочь знаменитого Тимурида Улугбека, Рабия Султан бегум, ставшая за время своего двадцатилетнего замужества матерью двух узбекских ханов – Кучкунчи и Суюнича. После смерти своего супруга она прожила вдовой еще 16 лет и была погребена, по преданию, в специально для нее отстроенном неподалеку от мазара Ходжа Ахмеда купольном мавзолее, покрытом изразцами. Красивое мраморное надгробие датой ее смерти называет один из месяцев 890 года хиджры, т.е. 1485 год н.э. В 931 г. х. _(1524/5 г.н.э.) скончался ее сын Суюнич-хан и был погребен поблизости от могилы туркестанского шейха, под сводами мазара которого хорошо сохранились еще два надгробия: внука и внучки Суюнич-хана – Кул Мухамед Султана (умершего в 930 г.х.) и Мастура-хатун. Если все эти могильники стоят теперь на своих первоначальных местах, то, следовательно, некоторые помещения памятника Ходжа Ахмеда не служили первоначальному своему назначению, а превратились в склепы уже в начале ХVI века.

Начиная со второй половины этого столетия, город Туркестан находился большей частью под властью казаков. Лишь в конце он кроткое время признавал власть узбекского владетеля Бухары Абдулла-хана II (1583-1598 г.н.э.). Его посещение Туркестана не прошло бесследно для мавзолея. По преданию, Абдуллах-хан отдал распоряжение свести незаконченную при постройке арку главного портала и сделать некоторые изменения в его щипцовой стене, что не противоречит данным современного исследования. Шейхам же была выдана дошедшая до нас грамота, подтверждающая дарованные Тимуром льготы.

С тех пор Туркестан почти вплоть до ХIХ века оставался одним из казакских центров и официальным местом пребывания то того, то иного хана старшей или средней Орды. Для могилы одного из них – героя народного эпоса Ишим-хана (конец ХVI в.- начало ХVП в.), успешно водившего казаков против узбеков и калмыков, был выстроен подле могилы Ходжа Ахмеда особый, небольшой, ныне совершенно разрушившийся мавзолей.

Не тронули могилы даже “неверные” калмыки, котрые 1723 году под предводительством Цэван-Рабтана заняли Туркестан и владели им более двадцати лет. Политическая тактичность завоевателей объяснялась позднее духовенством страхом калмыков перед будто бы явившимся им Ходжа Ахмедом в грозном виде в тот момент, когда они собирались оскорбить его мазар.

Короткий период в конце ХVШ – начале ХIХ веков, когда Туркестан признавал временами власть Бухары, затем ташкентского правителя Юнус Хаджи и снова Бухары, в истории мавзолея Ходжа Ахмеда оставил след лишь в виде двух ханских грамот эмиров Данияла (1212г.х.) и Хайдара (1219г.х.), подтверждавших те личные и имущественные права его шейхов, какие они сумели сохранить к тому времени.

Летом 1819 года присоединение горда, после неожиданного ночного нападения и немедленного разграбления, к владениям кокандского ханства, несколько дней спустя сопровождалось торжественным посещением знаменитого мазара самим Омар ханом, который велел при этом зарезать 70 жертвенных баранов и щедро одарил шейхов. С тех пор до самого русского завоевания все ханы, сменявшиеся на непрочном ферганском троне, давали шейхам мазара милостивые грамоты. Мухамед Али-хан, слывший искуснейшим калиграфом своего времени, оставил даже на память о своем посещении в 1254 г.х. (1838/9г.н.э.) собственноручно исполненную красивым почерком основную формулу ислама (калима) на листе бумаги, который долгое время висел перед входными дверьми в усыпальницу. В сороковых годах, в начале правления Худаяр-хана была упразднена должность мутевалли при мазаре. Для управления делами учредили новые должности шейх-азиз-ляра и шейх-накыба, и совершенно устранили от участия в них прямых наследников брата Ходжа Ахмеда Садр Шейха, чем нарушено было одно из условий вакф-наме Тимура. Но никто из правителей не проявил особых попечений о самом памятнике, который вошел тогда в состав укреплений рядом возведенной цитадели. Его обступили неопрятные, скверно сложенные постройки квартир офицеров кокандского гарнизона. Часть второстепенных помещений внутри самого мавзолея была использована под склады военных и продовольственных припасов. На увенчанном грубыми крепостными зубцами портале, служившем благодаря своей высоте прекрасным обсервационным пунктом, бессменно держался караул. Лишь только он улавливал в степной дали приближение врага, как тотчас же над аркой пештака взвивался огромный флаг, и тогда работавшие на полях жители, привыкшие в эти смутные времена часто оглядываться на издалека видимый массив мавзолея, в страхе бежали укрыться за городскими стенами¹ . В зимние стужи солдаты караула, стоявшего у входа в мавзолей, постоянно разводили огонь, почему стены и дверь были сильно прокопчены дымом. А в 1846 году, когда отложившийся от Коканда правитель Туркестана таджик Канат-шах несолько месяцев успешно отсиживался за крепостной стеной от кокандских войск, мавзолей Ходжа Ахмеда долго стоял залитым водой, так как предводитель осаждавших Азиз Парваначи, пробовавший разными способами склонить противника к сдаче, отдал распоряжение поднять запрудами воду в арыках и затопить ею прилежащий к крепости район.

События войны в последний раз пронеслись над памятником в 1864 году при трехдневной осаде города русскими войсками. Крыша и портал мавзолея были сплошь усеяны защитниками, но начальник русского отряда Веревкин отдал приказ артиллерии щадить средневековый архитектурный памятник. Когда же через перебежчиков стал известен пущенный духовенством для поднятия бодрости осажденных слух о чудесной силе, отвращающей снаряды “неверных” от мазара, 11-го июня одиннадцать снарядов из выпущенных по зданию двенадцати один за другим достигли цели, уличив святого в бессилии и поколебав остаток веры у туркестанцев в его заступничество¹.

Первое время после завоевания русскими города часть помещений памятника Ходжа Ахмеда, как и при кокандцах, несколько лет была занята под провиантский магазин военного ведомства, а стоящее напротив здание мавзолея Рабия Султан бегум служило артиллерийским складом. В начале 70-х годов администрация города постановила даже разобрать мавзолей Ходжа Ахмеда из опасения, что его давно не ремонтировавшиеся и изъязвленные трещинами стены могут рухнуть и повредить вновь выстроенное из сырцового кирпича казармы для гарнизона. Только во=время последовавшая отмена этого постановления из Ташкента спасла памятник от уничтожения. На него обратили внимание, и в 1872 году по распоряжению высшей власти в крае производился первый за много лет ремонт, при чем особое внимание было уделено очищению здания от накопившегося там мусора. Гораздо шире были поставлены работы по подержанию памятника в1884 году, когда из казны было отпущено на это 15.000 рублей. Были приведены в порядок крыши, устроены водосбросы, починены выкрошившиеся от времени низы стен, замощена значительная площадь вокруг них. Отсутствие понимания требований от такого рода реставрационных работ привело к тому, что при несомненно полезном поддержании здания сам памятник был частично изуродован. На наружную облицовку употреблен был кирпич европейского образца, а кладка, скрывшая следы первоначального убранства, произведена в полном противоречии со стилем сооружения. Внутри были забелены последние остатки древней клеевой росписи. По указанию увлекшегося реставрацией ташкентского мастера Закира², содрали уцелевшие еще изразцовые плитки мозаичной панели центральнго помещения. Однако, угрозы возмутившихся ходжей убить его, если он коснется ниши перед усыпальницей, сохранили здесь первоначальное убранство нижних частей стен. Одновременно инженером Печенкиным был изготовлен первый план мавзолея, ремонт которого, за исчерпанием средств был приостановлен. До сих пор так и осталась незаконченной начатая облицовка специальными кирпичиками наружной поверхности главного купола.

Чтобы спасти от падения отошедший и сильно начавший оседать западный угол здания, там в 1886 и 1887 годах были подведены снаружи четыре солидные кирпичные контрфорса, а в августе 1895 года окончательно пришедший в негодность полуразвалившийся мавзолей Рабии Султан бегум был разобран на кирпичи, употребленные затем на казенные постройки¹.

Более или менее детальное исследование памятника впервые было осуществлено летом 1905 года экспедицией русского Комитета для изучения Средней и Восточной Азии, в составе В е с е л о в с к о г о и двух архитекторов – художников, изготовивших планы, фасады, разрезы мавзолея, а также несколько зарисовок его внутреннего убранства. Последовавшее же 11-го февраля 1906 года таинственное исчезновение из усыпальницы части одной из шести тимуровских бронзовых подставок для чирагов и свечей² заставило обратить внимание на охрану и поддержание этого интересного архитектурного сооружения. Вопрос широко освещался в туркестанской прессе. Туркестанский кружок любителей археологии поднимал вопрос о необходимости ремонта памятника. Специально командированный на место инженер исчислил расход на работы по поддержанию его в сумме 50.000 рублей. Со стороны некоторых мусульманских купцов из татар высказывалась готовность придти государству на помощь, но археологическая комиссия не нашла возможным принять денежное участие в этом, и никаких практических результатов не последовало до тех пор, пока в 1910 году шейхи по собственному почину на собранные

путем пожертвования 12.000 рублей не произвели под наблюдением морского техника основательного ремонта с полной перекладкой части стен и перекрытий в помещении, где приготовляется кушанье “халим”. Для сбора пожертвований и контроля за расходованием общественных сумм создали особую комиссию с представителем администрации. Новая комиссия из нескольких инженеров в 1911 году произвела детальный осмотр состояния памятника и установила цифру в 100.000 рублей, необходимую для основательного ремонта. Некоторые помещения, признанные опасными для пребывания в них, опечатали.

Последовавшие вскоре мировая война и события первых лет революции надолго отвлекли внимание от мавзолея Ходжа Ахмеда¹ . Лишь после утверждения специального органа Средазкомстариса, ведавшего охраной памятников старины, к нему вновь проявлены были некоторые заботы. Начиная с 1922 года, несколько комиссий производили технический осмотр мавзолея, составляли сметы на ремонт с установлением разноочередности работ. Проводилась фотографическая регистрация памятника. Начато было составление нового плана, а в 1928 году произведен крупный ремонт по приведению в порядок нижних частей стен внутри здания и перекрытию куполом помещения с колодцем. Археологический надзор за производившимися наружными вскрытиями фундамента и разбор некоторых надписей дал ряд новых фактов для изучения этого средне-азиатского памятника, который с историко-архитектурной точки зрения представляет чрезвычайный интерес.